Το τμήμα της Φυσικής Ιστορίας περιλαμβάνει τον ζωικό πλούτο της Θράκης. Συλλογή εντόμων, συλλογή παλαιοντολογίας με εκθέματα αυγά δεινοσαύρων,δόντια καρχαρία από το Φυλαχτό Έβρου, τεραστίων διαστάσεων απολιθωμένα θαλασσινά σαλιγκάρια, κομμάτια απολιθωμένων δέντρων σαράντα εκατομμυρίων ετών κ.λ.π.
